农业投入品是指在农业和农产品投入过程中使用或添加的物质，包括生物投入品、化学投入品和农业设施设备。
有机农产品与普通农产品（包括绿色食品和无公害农产品）的最主要区别，就在于生产过程中投入品的差别。普通农产品允许使用化肥、农药，包括植物生长调节剂、动物激素、抗生素、保鲜剂等，而有机农产品禁止使用一切化肥、农药，主要通过施用有机肥促进作物生长，通过微生物制剂、天敌生物和物理措施防控病虫害。同时，种子、种苗禁止使用一切基因工程生物及产物。
这种生产过程中的差异体现在最终产品上，有机产品对检测结果的要求是所有农药残留量均为不得检出，即零农残；重金属不得超过食品安全国家标准规定的最低含量。而普通农产品只要符合《农产品质量安全法》的相关规定，在化学投入品的使用上符合相关安全标准和国家强制性技术规范，特别是不要含有国家明令禁止使用或淘汰的农药或其他化学物质就可以上市销售。
基于这个特点，有机农业生产基地大棚里悬挂的像小彩旗一样的黄色或蓝色粘虫板、驱虫灯，和普通农业基地里成堆的农药瓶子，就是各自不同生产方式最形象的代表了。